WEB履歴書の登録をしているのですが、「現在(直近)の年収」は、手取り額を記入するのでしょうか？
それとも、残業手当や税金なども含めた総支給額を記入するのでしょうか？

「現在(直近)の年収」は、総支給額をご記入ください。

転職先が決定して入社手続きを行なう際、前職の勤務先で発行してもらった源泉徴収票を提出することになります。

こちらに記載されている年収も手取り額ではなく総支給額となりますので、その金額と誤差がないようご登録ください。